Разница между фонетической и синтаксической синтагмой заключается в их природе и характеристиках:

1. Фонетическая синтагма — это отрезок звучащей фразы, представляющий собой смысловое, грамматическое и интонационно-ритмическое единство. 2 Она характеризуется особой интонацией и синтагменным ударением, при этом паузы между синтагмами не обязательны. 3
2. Синтаксическая синтагма — это совокупность нескольких слов, объединённых по принципу семантико-грамматической и фонетической сочетаемости. 5 Поскольку синтагму составляют слова, тесно связанные по смыслу, она обычно представляет собой и синтаксическое единство. 1 Так, в отдельные синтагмы выделяются обособленные члены предложения, вводные и вставные конструкции и т. п.. 1