В чем разница между ФГКОУ и ФГКОУ ВО?

Возможно, имелись в виду сокращения в наименованиях образовательных учреждений.

ФГКОУ — федеральное государственное казённое образовательное учреждение. www.prlib.ru

ФГКОУ ВО — федеральное государственное казённое образовательное учреждение высшего образования. agprf.org xn--80ad.xn--b1aew.xn--p1ai

Таким образом, разница между ФГКОУ и ФГКОУ ВО заключается в уровне образования: первое сокращение обозначает общее понятие, второе — учреждение с высшим образованием.