В чем разница между энциклопедией и справочником в биологии?

Возможно, имелись в виду различия между энциклопедиями и справочниками в общем, а не в контексте биологии.

Энциклопедия — это научно или научно-популярное справочное издание, которое содержит наиболее существенную информацию по всем или отдельным областям знания или практической деятельности. infourok.ru В энциклопедиях содержание статьи развёрнуто и многопланово. 74-gim76.edusite.ru

Справочник — это книга, которая содержит краткие и точные сведения по какому-либо предмету. multiurok.ru Обычно справочники бывают тематическими. multiurok.ru

Таким образом, разница между энциклопедией и справочником заключается в объёме и характере предоставляемой информации: энциклопедия даёт более глубокие представления о чём-либо, а справочник ориентирован на быстрый поиск конкретных сведений.