Разница между декартовой и геодезической системами координат заключается в их назначении и способе описания положения точек.
Декартова система координат (например, геоцентрическая) используется для описания положения точек, находящихся на Земле или движущихся вблизи неё. gitlab.srns.ru В этой системе координат местоположение представляется в виде измерений по осям X, Y и Z от центра масс Земли. en.wikipedia.org
Геодезическая система координат применяется для обработки наземных геодезических измерений, навигации и картографии. bibl.nngasu.ru gis-lab.info В этой системе две координаты задают положение на эллипсоиде, аппроксимирующем земную поверхность, а одна координата описывает отклонение по высоте от этого эллипсоида. gitlab.srns.ru Положение точки определяется широтой, долготой и высотой над принятым эллипсоидом. bibl.nngasu.ru
Таким образом, декартова система координат ориентирована на описание положения точек в пространстве вблизи Земли, а геодезическая система — на работу с местоположением точек на земной поверхности и её отклонением от эллипсоида.