Разница между certainly и surely в современном английском языке заключается в выражении уверенности:

• Certainly подразумевает абсолютную уверенность, которая может основываться на фактах или определённых знаниях. 5 В научных текстах чаще встречается именно это наречие. 1
• Surely подразумевает, что говорящий уверен в чём-либо, несмотря на факты или причины, убеждающие его в обратном. 12 «Уверенность», выражаемая наречием surely, связана скорее с чувствами и надеждами, а не со знаниями. 1

Таким образом, certainly используется, когда нет сомнений со стороны говорящего, а surely — когда есть сомнение с его стороны. 4

Например, «Surely she is going to get ready soon?» (Неужели она скоро будет готова?) — в этом предложении акцент делается на том, что уверенность в том, что желаемое когда-нибудь произойдёт, начинает пропадать. 1