Разница между Bokeh и Matplotlib при визуализации научных данных заключается в их целях и особенностях.

Matplotlib позволяет строить диаграммы и графики разных видов, настраивать их оформление. 1 С помощью Matplotlib можно, например:

• строить 2D-фигуры; 1
• формировать на основе данных линейные, точечные, столбчатые, круговые и другие диаграммы; 1
• рисовать контурные графики; 1
• формировать поля векторов и спектрограммы; 1
• быстро встраивать визуализацию в сервисы, программы и приложения. 1

Bokeh предназначен для создания интерактивных графиков и сразу публикации их в веб-сервисах. 1 С помощью Bokeh можно рисовать визуализацию практически любых типов — от столбчатых диаграмм до тепловых карт. 1 Некоторые особенности Bokeh:

• поддержка разных форматов входных данных; 1
• совместимость с Python-фреймворками для веб-разработки, например Flask; 1
• совместимость с другими библиотеками для визуализации, например Matplotlib; 1
• предоставление серверного компонента, который позволяет создавать и разворачивать сложные интерактивные приложения с помощью только Python. 2

Таким образом, Matplotlib больше подходит для создания статических диаграмм, а Bokeh — для интерактивной визуализации в веб-среде.