Разница между биоиндикацией и биотестированием заключается в уровне исследования и целях: 14

• Биоиндикация — оценка состояния окружающей среды на уровне организма, популяции и сообщества. 14 Цель — определить степень загрязнения, зафиксировать скорости происходящих изменений, указать пути и места скоплений загрязнений и отравляющих веществ. 1
• Биотестирование — оценка токсичности среды на уровне молекулы, клетки или организма. 14 Цель — определить возможные пути воздействия загрязнений на человека, а также степень вредности любых синтезируемых веществ для живой природы и человека. 1

Ещё одно отличие — место проведения исследования: 2

• Биоиндикация — организмы извлекаются из природы, и по их состоянию оценивают степень загрязнения. 2
• Биотестирование — качество воды, почвы оценивается посредством лабораторных объектов (животных, растительных, одноклеточных), помещённых в тестируемую среду уже в лаборатории. 2