Разница между ауксотрофами и прототрофами в плане способности к синтезу питательных веществ заключается в следующем:

• Ауксотрофы не способны синтезировать какие-либо соединения самостоятельно. 4 Они ассимилируют эти соединения и другие факторы роста в готовом виде из окружающей среды или организма хозяина. 4
• Прототрофы способны синтезировать все необходимые им органические соединения (углеводы, аминокислоты и др.) из глюкозы и солей аммония. 4

Таким образом, ауксотрофы нуждаются в одном или нескольких факторах роста, а прототрофы синтезируют необходимые для роста соединения самостоятельно. 2