Преимущества светового микроскопа перед электронным:

• Простота и лёгкость в использовании. 2 Не требуется сложных навыков владения устройством, а также не нужна сложная подготовка препаратов. 4
• Возможность рассматривать живые клетки и видеть цветное изображение. 14 Можно видеть движение цитоплазмы с органоидами, стадии деления клетки. 1
• Относительно низкая стоимость. 2

У электронного микроскопа есть свои преимущества: более высокое увеличение и разрешающая способность. 25 Однако он дороже в приобретении и обслуживании, а также для его работы нужны особые условия (например, изолированность от источников электромагнитных полей). 3 Образцы для исследования нужно помещать в безвоздушное пространство (вакуум). 3 В электронном микроскопе нельзя изучать живые объекты. 3