Преимущества схемы Эль-Гамаля по сравнению с другими криптосистемами:

• вероятностный характер шифрования, что обеспечивает большую стойкость по сравнению со схемами с определённым процессом шифрования; 12
• возможность быстро генерировать ключи без снижения стойкости. 1

Недостатки схемы Эль-Гамаля:

• удвоение длины зашифрованного текста по сравнению с начальным текстом; 12
• отсутствие семантической стойкости: если хакер имеет шифрованный текст и открытый ключ, то он может получать некоторую информацию об исходном тексте; 3
• делимость шифра: если дан шифрованный текст, то можно получить другой шифрованный текст, изменив только вторую часть сообщения. 3

Для защиты от недостатков схемы Эль-Гамаля Шнорром и Якобссоном было предложено объединить схему шифрования Эль-Гамаля с цифровой подписью Шнорра, что позволяет не только шифровать сообщение, но и аутентифицировать его. 3