Орфограмма — это «точка» применения орфографического правила, ошибкоопасное место в слове или между словами, тот знак (буква, пробел, дефис, запятая и т.п.), чей выбор написания соответствует правилам и/или традиции. 3

Омограф — это слова, которые совпадают в написании, но различаются в произношении (в русском языке чаще всего из-за различий в ударении). 14 К омографам могут относиться как слова, имеющие разное значение, так и разные формы одного и того же слова. 1

Таким образом, основное отличие в том, что орфограмма — это место в слове или между словами, вызывающее затруднение при его написании, а омограф — это слова, которые пишутся одинаково, но звучат по-разному. 24