Отличие онтогенеза от филогенеза заключается в том, что онтогенез — это индивидуальное развитие организма, а филогенез — историческое развитие группы организмов. 13

Некоторые другие отличия:

• Исходная запрограммированность процессов: в онтогенезе есть уникальная неизменная генетическая программа развития, а в филогенезе генофонд эволюционирующей группы непрерывно изменяется. 10
• Продолжительность и периодизация: онтогенез протекает в сжатые сроки (часы, месяцы, годы), существует начало и окончание, а филогенез рассматривает развитие биологического вида во времени. 10

При этом понятия онтогенеза и филогенеза неразрывно связаны: с точки зрения эволюционной теории, историческое развитие живой природы представляет собой череду онтогенезов. 1