Отличие гомологичной рекомбинации от негомологичной заключается в условиях и процессе рекомбинации:

1. Гомологичная рекомбинация основана на спаривании комплементарных оснований и требует протяжённой гомологии между рекомбинирующими последовательностями. 2 Она приводит к обмену равными частями гомологичных молекул. 2
2. Негомологичная рекомбинация — группа рекомбинационных процессов, основанных на очень ограниченной гомологии между рекомбинирующими ДНК или вообще происходящих без неё. 3

Таким образом, главное отличие в том, что для гомологичной рекомбинации необходима общая (по всей длине молекул) гомология между рекомбинирующими ДНК, а негомологичная рекомбинация происходит с очень ограниченной гомологией или вообще без неё. 34