Гомологичная рекомбинация у вирусов происходит при наличии протяжённых гомологичных участков ДНК и важна для эволюции вирусов. 12 Например, если геномы двух вирусов с различными невыгодными мутациями подвергаются рекомбинации, то они способны образовать другой, полностью функциональный геном. 2

Негомологичная рекомбинация у вирусов происходит между негомологичными нуклеотидными последовательностями. 1 К ней относится, например, случайное встраивание вирусной ДНК в ДНК клеток животных, в результате чего в реплицирующихся геномах вирусов появляется множество делеций и дупликаций. 1

Таким образом, основное отличие в том, что гомологичная рекомбинация требует наличия гомологичных участков ДНК, а негомологичная происходит между негомологичными последовательностями. 14