Основное отличие голосеменных растений от споровых заключается в строении органов размножения: голосеменные распространяются семенами, а споровые — спорами. 3

Некоторые другие отличия:

• Оплодотворение. У голосеменных оно происходит без участия воды, что позволяет им распространяться в более сухих условиях. 2 У споровых же для размножения необходима влажная среда. 1
• Корневая система. У голосеменных она хорошо развита, что позволяет им лучше закрепляться в субстрате. 4 У споровых же есть только корневище с придаточными корнями. 4
• Строение листьев. У голосеменных листья игольчатые или чешуевидные, вечнозелёные, слабо испаряющие воду. 1 У споровых же листья появляются на обычных листьях, специальных генеративных побегов нет. 1