В чем основные отличия методов bulk RNA-seq и single-cell RNA-seq?

Некоторые основные отличия методов bulk RNA-seq и single-cell RNA-seq:

• Цель. rna.cd-genomics.com Bulk RNA-seq направлен на получение среднего профиля экспрессии генов из популяции клеток, single-cell RNA-seq — на анализ экспрессии генов на уровне отдельной клетки для выявления её типов и изучения клеточной гетерогенности. rna.cd-genomics.com
• Протокол. rna.cd-genomics.com При bulk RNA-seq РНК извлекают из группы клеток, затем смесь РНК преобразуют в cDNA и проводят секвенирование. rna.cd-genomics.com При single-cell RNA-seq отдельные клетки выделяют с помощью таких методов, как микрофлюидика или методы на основе капель, затем РНК каждой клетки захватывают и преобразуют в cDNA, после чего проводят отдельное секвенирование для каждой клетки. rna.cd-genomics.com
• Контроль качества. rna.cd-genomics.com При bulk RNA-seq фокусируются на этапах извлечения РНК и подготовки библиотеки, обеспечивая высокое качество исходного материала с минимальным разрушением или загрязнением. rna.cd-genomics.com При single-cell RNA-seq включают оценку жизнеспособности клеток, целостности РНК и эффективности захвата. rna.cd-genomics.com
• Редкие популяции. brainfo.github.io Bulk RNA-seq часто не обнаруживает редкие популяции, если они составляют менее определённой доли, single-cell RNA-seq может захватывать и профилировать их. brainfo.github.io
• Количественный анализ экспрессии генов. brainfo.github.io Bulk RNA-seq очень количественный при изменениях на уровне ткани, обладает высокой чувствительностью к слабо экспрессируемым генам, если они широко экспрессируются. brainfo.github.io Single-cell RNA-seq полуколичественный на уровне клетки, с большим количеством пропусков, но предоставляет данные о распределении и специфической для клетки экспрессии. brainfo.github.io
• Анализ путей. brainfo.github.io Bulk RNA-seq даёт информацию об общей активации путей в ткани, single-cell RNA-seq — об активации путей в определённых типах клеток, об идентификации дивергентной активности путей среди клеток. brainfo.github.io
• Взаимодействие клеток. brainfo.github.io Bulk RNA-seq даёт минимальную информацию, single-cell RNA-seq позволяет выводить сети коммуникации клеток. brainfo.github.io
• Масштаб данных. brainfo.github.io Bulk RNA-seq — один вектор на образец, легче вычислять, single-cell RNA-seq — тысячи векторов на образец, требуют более сложного анализа и обработки данных. brainfo.github.io
• Применение. brainfo.github.io Bulk RNA-seq полезен для больших групп или начальных скринингов, single-cell RNA-seq часто применяют к меньшим группам или конкретным образцам для более глубокого понимания клеточного состава. brainfo.github.io