Ганоидная чешуя сохранилась у некоторых современных рыб, включая:

• Многоперообразных. 14 У них космоидно-ганоидная чешуя. 1
• Панцирникообразных. 14 У них ганоидная чешуя. 1
• Осетровообразных. 1 У них остатки ганоидной чешуи сохранились на верхней лопасти хвоста. 1

Также формально к ганоидной чешуе можно отнести жучки осетровых рыб, которые представляют собой комплекс значительно модифицированных слившихся ганоидных чешуй. 3 Кроме того, ганоидные чешуи более традиционной формы и строения покрывают хвостовой стебель осетров. 3