Зоопланктон важен для самоочищения водоёмов, потому что он выполняет следующие функции:

• Фильтрационная деятельность. 4 Организмы-фильтраторы (ветвистоусые рачки, коловратки и веслоногие) питаются фито- и бактериопланктоном, детритом, основными компонентами взвешенного органического вещества. 1 Они за короткий период профильтровывают всю водную толщу водоёма, очищая её от избыточных количеств водорослей, цианобактерий, болезнетворных бактерий и различных взвесей, снижающих качество воды. 4
• Стимуляция первичной и бактериальной продукции. 1 Зоопланктон минерализует органическое вещество и выделяет биогенные элементы, а также путём выедания, поскольку водоросли и бактерии способны к компенсационному росту. 1
• Минерализация органического вещества. 3 В процессе своего метаболизма зоопланктеры минерализуют органические вещества, делая их доступным для первичных продуцентов. 2