В слове «предыстория» буква «ы» пишется после приставки «пред-» по правилу: после русских приставок, оканчивающихся на согласный, буква «и» меняется на «ы». 12
Это правило отражает реальное произношение на стыке морфем: звук «и» после твёрдого согласного естественным образом переходит в «ы». 1