Почему в русском языке некоторые слова в родительном падеже имеют окончание -ов, а другие - нет?

В родительном падеже множественного числа у имён существительных второго склонения может быть нулевое окончание или окончания -ов, -ев, -ёв, -ей. videouroki.net

Окончание -ов характерно для большей части существительных мужского рода, в начальной форме оканчивающихся на твёрдый согласный (апельсин, помидор, мухомор, компьютер, носок). rus.stackexchange.com Например: апельсинов, помидоров, мухоморов, компьютеров, носков. rus.stackexchange.com

Нулевое окончание обычно имеют:

• названия парных предметов (ботинки — ботинок, глаза — глаз, манжеты — манжет, погоны — погон, чулки — чулок, эполеты — эполет, сапоги — сапог); rus.stackexchange.com
• названия мер и единиц измерения (220 вольт, 1000 ватт, 5 ампер, 500 гигабайт). rus.stackexchange.com Если же такие названия употребляются вне «измерительного» контекста (иначе говоря, форма родительного падежа не является счётной), то используется окончание -ов (жить без избыточных килограммов, не хватает гигабайтов). rus.stackexchange.com

Таким образом, выбор окончания зависит от конкретного слова и его значения.