В словах «миллион» и «миллиард» элемент «милли-» — не приставка, а корень, который означает «тысяча» (происходит от латинского «милле»). 1
Возможно, использование такого корня связано с тем, что в русском языке, как и в некоторых других, чем больше число, тем сложнее его произнести (увеличивается длина слова и/или число сложных звуков). 3