Спирогира является важным биоиндикатором состояния водоёмов, потому что её присутствие, количество или интенсивность развития служит показателем естественных процессов или условий окружающей среды, наличия определённых веществ в воде или степени загрязнённости. 3

Массовое развитие спирогиры связано с насыщением воды органическими веществами, в частности фосфатами и нитратами, которые являются мощным удобрением для водоросли. 2 Это позволяет оценить экологическое состояние водоёма, так как при чрезмерном размножении спирогира может указывать на избыток органических веществ в воде. 2

Кроме того, при разложении спирогира поглощает кислород и выделяет вредные для рыбы нейротоксины, что также влияет на состояние водоёма: место становится непригодным для жизни некоторых видов флоры и фауны. 2