Слово «лимонный» может иметь разные значения, поэтому нельзя однозначно сказать, почему оно относится к цветам, а не к фруктам.
В первом значении «лимонный» — прилагательное к слову «лимон». 3 Например: «лимонный запах», «лимонная корка», «лимонная оранжерея». 3 Также «лимонный» может означать «приготовленный из лимона», «с лимоном» (например: «лимонный сок», «лимонное варенье», «лимонная вода»). 23
Во втором значении «лимонный» — светло-жёлтый, цвета кожуры лимона. 23 Например: «лимонная полоса заката», «листья лимонного цвета». 2