Систему Макаренко считают противоречивой в педагогической среде по нескольким причинам:

• Игнорирование индивидуальных особенностей личности. 2 Основной принцип системы Макаренко — воспитание в коллективе, при этом интересы коллектива стоят выше интересов отдельной личности. 2 Это может приводить к тому, что индивидуальные особенности личности усредняются и обезличиваются. 2
• Использование принуждения и наказаний. 1 Макаренко считал их необходимыми методами воспитания, в то время как Надежда Крупская настаивала на идее полного отказа от них. 1
• Поверхностное знакомство с наследием Макаренко. 4 Это может приводить к недоразумениям и упрощениям, которые не дают воплотить в жизнь теории педагога. 4

Важно отметить, что система Макаренко не является панацеей от всех проблем в воспитании и может быть эффективна в определённых условиях. 5