Система Занкова считается одной из самых сложных для обучения по нескольким причинам:

• Высокий уровень сложности. 35 Учитель не даёт на уроке готовую информацию, а ставит вопрос, который кажется ученикам сложным. 1 В дальнейшем они совместно ищут ответ. 1
• Сложность домашних заданий. 13 Для их выполнения требуется много времени, что может вести к перегрузке школьников. 1
• Ориентация на самообучение. 35 В ходе учёбы дети сталкиваются с проблемами, которые должны решать самостоятельно. 3 Учитель может лишь направить их к правильному ответу. 3
• Хаотичное изложение предметного материала. 2 При этом недостающие «звенья» ученик должен найти и усвоить самостоятельно. 2
• Мало упражнений на повторение и закрепление полученных знаний. 2 Занков считал, что это делает процесс обучения рутинным и скучным, а также снижает заинтересованность детей в получении новых знаний. 2