РНК-полимераза делает паузы при элонгации транскрипции в ответ на регуляторные воздействия со стороны белковых факторов и/или сигналов, закодированных в ДНК и РНК. 2

Описаны два типа временных задержек в элонгации: 2

1. Паузы, зависящие от шпилечных структур РНК. 2 Сигналом служит шпилька в РНК, образующаяся на расстоянии 10–12 нуклеотидов от 3' конца РНК, в окружении специфических нуклеотидных последовательностей. 2 Шпилька передаёт сигнал к активному центру, взаимодействуя с доменом «заслонка» β субъединицы РНК-полимеразы. 2 Смещение этого домена приводит к изменению в окружении 3' конца РНК и приостановке синтеза. 2
2. Паузы, вызванные возвратным смещением РНК-полимеразы. 2 Для пауз такого рода не требуется какая-то специфическая структура РНК или последовательность нуклеотидов. 2 Образование сдвинутых назад против хода транскрипции элонгационных комплексов определяется главным образом свободной энергией пар нуклеотидов в гибридном участке РНК-ДНК. 2

Также в процессе элонгации РНК-полимераза может встретить повреждения ДНК, что также вызывает паузы. 5