Пролин считается нарушителем формирования α-спиралей в белках, потому что его структура не позволяет создать правильную регулярную α-спираль. 2

Некоторые причины:

• Отсутствие атома водорода в остатке пролина при атоме азота, образующем пептидную связь с другой аминокислотой. 1 Из-за этого пролин не способен образовывать внутрицепочечную водородную связь. 1
• Жёсткая циклическая структура пролина. 2 Атом азота в нём входит в состав жёсткого кольца, что делает невозможным вращение вокруг связи N–C и образование спирали. 1
• Искажения структуры спирали, которые вносит пролин. 2 Они препятствуют формированию водородной связи с атомом азота следующего остатка. 2 В месте расположения пролина происходит выпадение двух водородных связей, стабилизирующих структуру α-спирали. 2

В результате белки с высоким содержанием пролина имеют низкую степень спирализации. 5