Окисление ФАД-зависимых субстратов приводит к меньшему синтезу АТФ, потому что электроны переносятся по дыхательной цепи, минуя первый пункт сопряжения. 1

Энергия, достаточная для синтеза молекулы АТФ, выделяется не на всех этапах передвижения электронов, а только на трёх: 2

1. От НАД∙Н через ФМН к первому FeS-белку. 2
2. От восстановленного убихинола к цитохрому с1. 2
3. От цитохрома с к кислороду. 2

При окислении НАД∙Н электроны проходят через все три пункта, а при окислении ФАД∙Н2 — только через два таких пункта. 2

Кроме того, часть энергии, высвобождающейся при транспорте электронов, расходуется не на синтез АТФ, а для переноса веществ через митохондриальную мембрану. 4