Некоторые питательные среды имеют определённый цвет благодаря наличию в их составе химических красителей-индикаторов. 5 Они помогают разделить близкие культуры и определить вид бактерий по изменению среды и её химического состава (изменению окраски среды, появлению пузырьков газа и т. п.). 5

Например, в розовой среде Эндо, подкрашенной фусином, кишечная палочка образует колонии красного цвета, а тифозные и дизентерийные колонии бактерий — бесцветные. 5

Также определённый цвет могут иметь дифференциально-диагностические среды. 24 Например, среды Гисса представлены набором пробирок с питательной средой в жидкой или полужидкой форме, в каждую из которых добавлены определённый углевод (сахар) и индикатор, меняющий окраску в кислой среде. 1 При расщеплении какого-то углевода в пробирке наблюдается изменение цвета среды, если же исследуемая культура не расщепляет углевод, то цвет среды в других пробирках останется неизменным. 1