Энхансеры могут находиться далеко от промоторов из-за необходимости формирования и поддержания пространственного контакта. 1
Эффект энхансера проявляется только при таком сближении, которое происходит за счёт образования петли в ДНК. 5 С помощью этого механизма энхансер «помогает» промотору найти себе энхансер. 5
Например, в случае гена SOX9 энхансер удалён от промотора на расстояние 1,3 млн нуклеотидных пар, а в случае гена Shh — на 1 млн нуклеотидных пар. 1
Расстояние между активным энхансером и промотором влияет на вероятность их пространственного контакта, а следовательно, и на степень активирующего эффекта энхансера. 5