Почему некоторые буквы русского алфавита имеют двойной смысл?

Некоторые буквы русского алфавита имеют двойной смысл, потому что могут обозначать два разных звука. rus.stackexchange.com Например:

• Буква «б» может обозначать как твёрдый, так и мягкий звук — [б] и [б'] (был — бил, бал — бел). rus.stackexchange.com
• Буква «я» в одних случаях обозначает звук [а] после мягкого согласного, в других — сочетание [ja] (ср.: вяз — объять, дядя — яма). rus.stackexchange.com
• Буква «и» может обозначать звуки [и] и ы. rus.stackexchange.com

Также буквы е, ё, ю, я могут обозначать два звука: [йэ], [йо], [йу], [йа]. otvet.mail.ru Это происходит в начале слова, после гласного звука или разделительных ь, ъ. otvet.mail.ru