Почему некоторые аббревиатуры имеют средний род, а другие - женский?

Род аббревиатур может быть разным по нескольким причинам:

• Род буквенной инициальной аббревиатуры (читаемой по названиям букв) зависит от опорного слова в расшифровке аббревиатуры. vk.com Например, МГУ (университет) — мужского рода, СНГ (содружество) — среднего, РПЦ (церковь) — женского. vk.com
• Род звуковой инициальной аббревиатуры (читаемой «по слогам») зависит не только от рода опорного слова, но и от внешнего фонетического облика аббревиатуры, точнее — от её концовки. vk.com Если аббревиатура оканчивается на согласный, то она может согласовываться по мужскому роду, несмотря на принадлежность опорного слова к женскому или среднему роду. vk.com Например, только мужского рода слова вуз (хотя заведение), МИД (хотя министерство), загс (хотя запись). vk.com
• В некоторых случаях согласование по мужскому роду невозможно: ГЭС, ТЭЦ — существительные только женского рода. vk.com О родовой принадлежности таких аббревиатур следует справляться в словарях. vk.com

Также род некоторых аббревиатур может определяться по фонетическому облику аббревиатуры — по её концовке. dzen.ru Это касается некоторых звуковых аббревиатур, то есть тех, которые читаются не по названиям букв, а по звукам, как обычные слова. dzen.ru