Метод Саузерн-блот считается устаревшим в современной науке, потому что его во многих случаях заменили более чувствительными и высокопроизводительными методами. 1

Некоторые альтернативы Саузерн-блоту:

• Полимеразная цепная реакция (ПЦР). 19 Позволяет быстро получать результаты, часто за несколько часов. 4
• Микроматрицы ДНК. 4 С их помощью можно одновременно анализировать уровень экспрессии тысяч генов. 4 Однако для этого необходимо заранее знать анализируемые последовательности. 4
• Секвенирование следующего поколения (NGS). 4 Метод высокочувствителен и способен обнаруживать различные генетические изменения, включая мутации, делеции и вставки. 4

Несмотря на это, Саузерн-блот всё ещё используется, например, для оценки перестроек генов иммуноглобулина или Т-клеточного рецептора. 9