Преимущества Саузерн-блот гибридизации перед другими методами идентификации ДНК:

• Возможность выявить патогенетически значимые нуклеотидные изменения в составе интронов, промоторов или иных регуляторных участков, которые пропускаются при обычных методах скрининга кодирующей области гена. 1
• Определение числа копий генов в геноме. 3 Саузерн-блоттинг, который проводят с геномной ДНК, обработанной эндонуклеазами рестрикции, может быть использован для этого. 3

Недостатки Саузерн-блот гибридизации:

• Дорогостоящий и трудоёмкий метод. 1
• Требует больших количеств геномной ДНК (5–10 мкг, что на несколько порядков превышает количество ДНК, необходимое для проведения ПЦР). 1
• Предполагает использование радиоактивных зондов. 1
• Предъявляет высокие требования к качеству анализируемой ДНК. 1