Ленок считается редким видом в некоторых регионах России по нескольким причинам:

• Сокращение численности популяций. 13 В последние десятилетия отмечается резкое снижение количества ленка в водоёмах, особенно в притоках Южного Байкала и верхнем течении Ангары. 3
• Браконьерство и интенсивный нерегламентированный лов. 5 В некоторых водотоках происходит полный вылов локальных стад ленка. 5
• Уничтожение мест обитания. 5 Это происходит, например, при добыче россыпного золота, нерудных строительных материалов и проведении других гидротехнических работ. 5

Ленок занесён в Красную книгу России, а также в Красные книги Алтайского края, Иркутской области, Красноярского края, Новосибирской области, Республики Бурятия и Республики Хакасия. 3