Кубышка жёлтая считается важным элементом экосистемы водоёмов по нескольким причинам:

• Создание микроклимата. 1 Плавающие листья кубышки формируют особые условия среды: уменьшают испарение воды и понижают её температуру. 1
• Опора для организмов. 1 Заросли кубышки тормозят движение воды, помогая поселяющимся среди них организмам противостоять колебанию водной массы и предоставляя им опору для временного или постоянного прикрепления. 1
• Защита и субстрат для других организмов. 1 Кубышка служит защитой и субстратом для большого числа видов, включая водоросли, гидр, мшанок, червей, клещей, ракообразных, насекомых, моллюсков. 1
• Очистка воды. 14 Кубышка способна очищать водоёмы: там, где она растёт, вода не «цветёт». 4
• Источник пищи. 1 Кубышка жёлтая является важным пищевым ресурсом для многих водных животных, включая рыбу и водоплавающих птиц. 12
• Индикатор чистоты воды. 24 Присутствие кубышки в водоёмах свидетельствует о хорошем состоянии экосистемы. 2 Если растение начинает исчезать, это может сигнализировать о загрязнении или ухудшении условий обитания для других водных организмов. 2