Кубышка жёлтая считается уязвимым видом в некоторых регионах, например в России, из-за медленного восстановления растения. 2

При интенсивной заготовке кубышки для использования в лекарственных и декоративных целях она может полностью исчезнуть в отдельно взятой местности. 2

Некоторые факторы, угрожающие существованию вида:

• Добыча кубышки. 2 Браконьеры собирают растения из-за редких декоративных цветов, что приводит к уменьшению их популяции. 1
• Осушение земель. 2 Мелиорация земель путём осушения нарушает естественную среду кубышки. 2
• Загрязнение водоёмов. 25 Растение плохо переносит грязную воду, и при её загрязнении кубышка погибает. 14

Чтобы сохранить популяцию кубышки жёлтой, принимаются меры по защите водоёмов, создаются охраняемые территории, среди населения проводится образовательная работа. 1