Сергея Савельева критикуют за следующие аспекты:

• Большое количество фактических ошибок в его работах, в том числе в монографии «Возникновение мозга человека». 13 Эксперты портала «Антропогенез.РУ» обнаружили в книге учёного не менее 150 фактических ошибок и искажений, а также обратили внимание на внутренние противоречия и неправильное использование ряда специальных терминов. 2
• Риторика, несовместимая с научным подходом. 12 Учёный прибегает к ёрничанью и «полемике с оглуплённым оппонентом». 12
• Недостаточное знание зоологии, палеонтологии, антропологии и археологии. 12

Да, идеи Сергея Савельева можно считать псевдонаучными. 27 Например, к таким относится его теория церебрального сортинга о возможности предсказывать возможности и способности человека по размерам некоторых зон мозга и сортировать людей в зависимости от того, какая из функций его мозга лучше развита. 7

В 2018 году Сергей Савельев стал финалистом антипремии «Почётный академик ВРАЛ», вручаемой ежегодно за выдающийся вклад в российскую лженауку. 2