Имена греческого происхождения адаптировались в русском языке с изменением звучания из-за различий в произносительных нормах древнегреческого языка в византийское время и в поздней латыни, откуда их заимствовали западноевропейские языки.                                                                          ru.wikipedia.org                       
 Некоторые примеры:
  - Придыхание над начальным гласным слова.                                                                          ru.wikipedia.org                       В древнегреческом языке оно было обязательным, но на Руси не сохранилось.                                                                          ru.wikipedia.org                       В графике западноевропейских языков придыхание получило отражение в виде h, которое в русском передавали через г.                                                                          ru.wikipedia.org                       Так возникли варианты Гомер и Омир, Геракл и Иракл, Эрмий и Гермес.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Звук, обозначавшийся в древнегреческом буквой η (эта).                                                                          ru.wikipedia.org                       В Византии он произносился как русское и, а в западноевропейских языках сохранилось написание и произношение через е.                                                                          ru.wikipedia.org                       Так в русском языке появилось расхождение между Димитрием и Деметрой.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  - Интервокальное s.                                                                          ru.wikipedia.org                       В древнегреческом языке оно звучало глухо, а в западноевропейских языках озвончилось.                                                                          ru.wikipedia.org                       Так появились варианты Тесей и Тезей, Сисиф и Сизиф.                                                                          ru.wikipedia.org                      
  
 Кроме того, отбрасывание греческих окончаний было обусловлено тем, что они противоречили морфологической системе русского языка.                                                                          studbooks.net                       
 Таким образом, колебания в передаче иноязычных звуков связаны с отсутствием в заимствующем языке знаков, которые поясняли бы произношение звуков языка-источника, а также с изменением норм произношения и написания.                                                                          proza.ru