Хроматин уплотняется в гетерохроматин из-за модификации гистонов. 35 Гистоны гетерохроматинового комплекса характеризуются низкой степенью ацетилированности по лизиновым остаткам. 3 Это увеличивает их основные свойства и, соответственно, связывание с кислыми фосфатными группами ДНК, что способствует компактификации комплекса. 3

Также образованию гетерохроматина способствует метилирование определённых участков гистона H3. 35 Например, метилирование 9-го лизинового остатка гистона H3 ведёт к образованию высокоаффинного сайта связывания гистона H3 и белка гетерохроматина HP1. 3

Кроме того, факультативный гетерохроматин обогащён протяжёнными повторяющимися последовательностями типа LINE, которые способствуют конденсации хроматина. 5