Гребнистые крокодилы редко встречаются в Австралии по нескольким причинам:

• Неконтролируемая охота. 24 В течение XX века на крокодилов вели обширное браконьерство, что привело к снижению генетического разнообразия большинства популяций. 34 Особенно редко стали встречаться крупные особи, так как крокодилам нужно много времени, чтобы достичь больших размеров. 34
• Разрушение среды обитания. 5 К резкому снижению популяции привело также разрушение человеком привычной среды обитания. 5
• Климатические условия. 4 В Южной Австралии гребнистые крокодилы не встречаются из-за засушливого климата и низкой среднегодовой температуры. 4

В конце 80-х годов численность гребнистых крокодилов снизилась до критической отметки, вид был занесён в Красную книгу с присвоением статуса «находящийся на грани исчезновения». 5