Флавинзависимые дегидрогеназы считаются вторичными переносчиками электронов, потому что они принимают электроны и протоны от первичной дегидрогеназы. 4

Например, ФМН-зависимая НАДН-дегидрогеназа (Е-ФМН) принимает электроны от восстановленной формы НАДН2 по схеме: НАДН + Н+ + Е-ФМН ↔ НАД + Е-ФМНН2. 4 Далее электроны от ФМНН2 поступают на кофермент-Q. 4

Однако в некоторых случаях, например при окислении янтарной кислоты, α-глицерофосфата и КоА-производных жирных кислот, флавинзависимые ферменты могут играть роль первичных дегидрогеназ и непосредственно принимать электроны и протоны от окисляемых субстратов без участия НАД и связанных с ним дегидрогеназ. 3