Ферменты не способны точно копировать ДНК при репликации по нескольким причинам:

• Строение активного центра ферментов. 1 Некоторые свойства ферментов, в частности конформация активного сайта, не позволяют им копировать повреждённые участки ДНК, так как они не вписываются в геометрию, задаваемую активным центром фермента. 1
• Направленность цепей ДНК. 2 Фермент ДНК-полимераза способен удлинять строящуюся цепочку ДНК только в определённом направлении. 2 Построение дочерних цепей должно идти строго по шаблону, а родительские цепи направлены противоположно друг другу. 2
• Ограничения в способности ферментов. 3 Например, ДНК-полимераза может добавлять новые нуклеотиды только к правильно спаренным нуклеотидам в двойной спирали, она не может начать строить цепь ДНК с нуля и образовать связь с одноцепочечной ДНК. 3

Для исправления ошибок в уже синтезированной ДНК существуют специальные ферментные системы, например ферменты репарации. 4