Ферменты могут эффективно расщеплять пептиды в определённых участках благодаря субстратной специфичности — расщепление происходит только в определённых местах белка. 1

Это обусловлено комплементарностью молекул фермента и субстрата, а также уникальностью строения активного центра у каждого фермента. 3

Участок связывания субстрата имеет строго определённую конформацию, которая соответствует форме биосубстрата (принцип «ключ-замок»). 2