Чистые линии растений важны для генетических исследований, потому что обеспечивают постоянные популяции, которые позволяют проводить фенотипирование признаков одних и тех же генотипов в разное время и при различных условиях окружающей среды. 2

Некоторые другие преимущества использования чистых линий в генетических исследованиях:

• Возможность многократного применения. 2 Чистые линии могут многократно использоваться в исследованиях, что важно для оценки наследуемости признаков и для генетических анализов, таких как картирование и изучение функций генов. 2
• Снижение вероятности воздействия на результат исследования генетических различий между особями. 45 Генетическая однородность используемых учёными организмов повышает воспроизводимость результатов. 4
• Возможность получения линий с заданными свойствами. 45 С помощью традиционной селекции и методов генной инженерии получено множество чистых линий с заданными свойствами, которые используются для конкретных исследований в области биологии. 45