Численность южноамериканской гарпии стремительно сокращается по нескольким причинам:

• Уничтожение лесов в районах гнездования и обитания птиц. 34 Вырубка лесов происходит для заготовки и расширения сельскохозяйственных угодий. 2
• Прямое истребление птиц человеком. 3 Например, фермеры могут убивать гарпий, охраняя скот и опасаясь за собственную жизнь. 2
• Особенности размножения. 3 Пара обычно выращивает только одного птенца раз в 2–3 года. 3

Также к сокращению численности приводит то, что пара птиц в течение 2 лет ухаживает только за одним птенцом. 1

По оценке на 2020 год, численность половозрелых особей южноамериканской гарпии составляла 100 000–250 000. 3