Почему буквы ё и е часто путают при звуко-буквенном анализе?

Буквы «ё» и «е» часто путают при звуко-буквенном анализе из-за факультативности буквы «ё». lifehacker.ru На письме она обязательна к применению только в трёх случаях: в именах собственных, для снятия омонимии, в изданиях для детей и учебных для иностранцев. rus.stackexchange.com В остальных случаях «ё» обычно заменяется на «е». rus.stackexchange.com

Ещё одна причина путаницы — изменение произношения слов. lifehacker.ru В устной речи естественным путём меняется произношение многих слов. lifehacker.ru Что-то из этого попадает в словари как новая норма, а что-то считается ошибкой. lifehacker.ru

Например, слово «афера» произошло от французского affaire — «дело» и сохранило в русском произношении букву «е», несмотря на повсеместное употребление в этом слове «ё». dzen.ru