Несколько причин, по которым изучение и идентификация белков из раскопок плейстоцена может быть сложным:

• Разрушение и изменение белков. 12 В процессе «хранения» в окаменелости и во время работы с ними белки могут разрушаться или изменяться. 2 Например, на строение образцов влияют процессы гидролиза и деамидирования. 2
• Загрязнение образцов. 14 Для работы с ископаемыми белками необходимо придерживаться исключительной стерильности, чтобы не загрязнить объекты исследования современными белками. 2
• Фрагментарность останков. 3 Значительная часть музейных коллекций состоит из сильно фрагментированных остатков, которые не поддаются классификации по конкретному таксону и непригодны для исследований. 3
• Недостаток белка. 4 В ископаемых останках остаётся очень мало белка. 4
• Неоптимизированные алгоритмы поиска. 1 Алгоритмы поиска в базах данных не оптимизированы для поиска древних белков низкой интенсивности и повреждённых белков, что увеличивает вероятность ложноположительных и ложноотрицательных результатов. 1
• Ограничения справочных баз данных. 1 Справочные базы данных ориентированы на модельные организмы, такие как дрожжи и мыши, и текущие данные о последовательности могут не охватывать все археологические материалы. 1