Белки-ферменты обладают высокой специфичностью к определённым субстратам из-за индивидуальных особенностей строения их активных центров. 24

Активный центр фермента — это совокупность аминокислотных остатков, которые вступают в контакт с субстратом. 4 Для каждого фермента характерны специфическая последовательность расположения аминокислотных остатков и пространственная конформация. 1

Молекула субстрата, с которым может взаимодействовать фермент, должна обладать двумя основными структурными особенностями: 2

1. Специфическая химическая связь. 2 Фермент может атаковать только определённые химические связи в субстрате. 2
2. Функциональная группа. 2 Она способна связываться с ферментом и ориентировать молекулу субстрата в активном центре катализатора таким образом, чтобы атакуемая связь субстрата была правильно расположена по отношению к каталитической группе фермента. 2

Благодаря этому фермент улавливает очень малые различия в структуре субстрата и присоединяет только свой субстрат, катализируя не любое из всех возможных химических превращений субстрата, а какое-либо одно. 2