Архебактерии и эубактерии имеют важное значение для экологии, потому что участвуют в биогеохимических циклах. 1 Например:

• Улучшают плодородие почв. 1 Гетеротрофные бактерии разлагают мёртвые органические остатки до простых минеральных веществ, возвращая их растениям. 1
• Участвуют в процессах гниения. 1 Разлагают белки и другие азотистые соединения до аммиака. 1
• Осуществляют многие этапы круговорота азота. 3 Это включает в себя как реакции, удаляющие азот из экосистемы (например, азотное дыхание и денитрификация), так и процессы, в ходе которых поглощается азот (усвоение нитратов и фиксация азота). 3
• Участвуют в круговороте серы. 3 Археи, живущие за счёт окисления соединений серы, получают их из каменистых пород и делают доступными для других организмов. 3
• Участвуют в образовании различных полезных ископаемых. 1 Например, железных руд, фосфоритов, месторождений серы, нефти, угля и других. 1

Кроме того, архебактерии и эубактерии вступают в симбиоз с другими организмами. 1 Например, бактерии из рода Rhizobium связаны с корнями бобовых, а некоторые цианобактерии являются одним из компонентов лишайников. 1